Rayquaza telah hidup selama beratus juta tahun. Terdapat legenda mengatakan Pokémon ini masuk campur ketika Kyogre dan Groudon bertelagah untuk menamatkan pertarungan.
Pokémon ini terus terbang merentasi lapisan ozon untuk makan tahi bintang. Tenaga tahi bintang yang terkumpul membolehkan Pokémon ini melakukan Evolusi Mega.
